注册 登录
中国神经科学论坛 返回首页

baiaosike的个人空间 https://bbs.bioguider.com/?113321 [收藏] [复制] [分享] [RSS]

日志

cDNA文库构建/EST测序分析

已有 524 次阅读2016-4-27 16:09

自20世纪70年代中期首例cDNA克隆问世以来,构建cDNA文库已成为研究功能基因组学的基本手段之一。由于cDNA不像基因组DNA含有内含子而难于表达,因此可以从cDNA文库中筛选到所需的目的基因,并直接用于该目的基因的表达。

  • 通过构建cDNA表达文库,
  • 可以提供构建分子标记连锁图谱的所用探针;
  • 可以用于分离全长基因进而开展基因功能研究

而cDNA文库具有组织细胞特异性,使得它在个体发育、细胞分化、细胞周期调控、细胞衰老和死亡调控等生命现象的研究中具有更为广泛的应用价值,因此成为了研究工作中最常使用到的基因文库。

我们的特点:

△采用Clontech公司SMART技术,高效构建普通cDNA文库

△有效去除rRNA、tRNA,提高文库中有效信息量;

△特有的全长cDNA文库构建方法,全长率最高可达90%;

△严格的质量控制,确保客户得到满意的cDNA文库;

△无缝连接3730XL测序平台,为您的实验提供整套的解决方案;

EST测序

对构建好的文库进行测序,Phred-20质量标准,平均有效读长超过600bp!

您还以获得

信息分析服务:

▲ORF预测

▲基因注释

▲功能聚类

实验方案

第一阶段

1)以客户提供的组织材料提取总RNA,分离mRNA,纯化总mRNA后,进行反转录合成cDNA第一链。

2) 通过引物延伸或LD-PCR法进行dscDNA合成,经sfiI酶切后,经层析柱分离cDNA(回收大于500bp的cDNA)。

3) 将分级纯化的dscDNA与sfiI酶切的逆转录病毒载体pRetro-Lib(Amp抗性)连接。

4) 将重组产物转化大肠杆菌DH10B感受态细胞 客户能提供保质保量的组织(5g)或者细胞株(2×107细胞)

向客户提供的结果及材料:

1、高质量的起始RNA变性电泳图

2、 dscDNA电泳图(含marker标注)和 pRetro-Lib的sfiI酶切图

3、转化大肠杆菌生长的重组克隆(即原始库)培养皿照片(若干张)

4、 详细的研究结果和分析

第二阶段

甘油保存大肠杆菌文库

初级cDNA文库的QC

1) 不同稀释度测定平均滴度,检测库容量(重组子克隆数目)。

2)随机挑取40个克隆子,PCR方法或sfiI酶切检测重组克隆子比例(重组率),检测平均插入片段大小。

3) 每个文库随机挑取20个克隆子抽提质粒进行双向测序,通过序列分析判断插入片段是否含有全长ORF。 文库验收标准 :

库容量: >1×10 7 cfu/ml

平均插入片段: >1.2 kb

重组率:>95%

全长基因比例:>65%

向客户提供的结果及材料:

1、不同稀释度生长的重组克隆培养皿照片(若干张)和平均滴度计算过程

2、构建好的初始cDNA文库的菌液(含甘油)5ml,分装0.5ml/进口冻存管(冻存-80℃)

3、40个克隆子的PCR鉴定电泳图(含marker标注)和40个克隆子插入片段长度数据(表格)

4、20个随机克隆子的双向测序报告纸制版(含测序引物序列和所在载体位置)和分析

5、文库的评价,包括库容量、插入片段平均长度、重组效率、 cDNA 完整性评价。

第三阶段  文库扩增

按Creator™ SMART™ cDNA Library Construction Kit进行文库扩增,并测定滴度。

文库验收标准 :

库容量: >1×10 8 cfu/ml

向客户提供的结果及材料:

1、扩增所需的培养皿数量计算过程和重组克隆培养皿照片(若干张)

2、20ml扩增文库的菌液(含甘油),分装1ml/进口冻存管(冻存-80℃)。

北京百奥思科生物医学技术有限公司

MDL biotech Co.,Ttd

 

客      服:010-57180887 62466900 销售转808

技术支持:010-62466900转803 直线62461209

咨询 QQ:2565654811

market@MDLbiotech.com 

 

北京市海淀区中关村翠湖科技园15号楼


路过

雷人

握手

鲜花

鸡蛋

评论 (0 个评论)

facelist doodle 涂鸦板

您需要登录后才可以评论 登录 | 注册

小黑屋|手机版|Archiver|生物行[生物导航网] ( 沪ICP备05001519号 )

GMT+8, 2024-4-30 14:47 , Processed in 0.034353 second(s), 18 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2023 Discuz! Team.

返回顶部