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日志

基因甲基化检测

已有 463 次阅读2016-4-27 16:29 | 检测

    甲基化是在DNA甲基转移酶(DNA Methyltransferase, DNMT)催化作用下, 利用S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)提供甲基,在CpG二核苷酸中胞嘧啶嘧啶环的五号碳原子上加上甲基的共价修饰过程。DNA甲基化修饰现象广泛存在于多种有机体中,是最早发现的修饰途径之一,是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分。大量研究表明,DNA甲基化不改变DNA的一级结构,但是能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而在基因的表达及其调控、DNA的复制、细胞的生长发育、X染色体失活、衰老以及许多人类疾病 (如发育畸形、癌症、心血管疾病、糖尿病和神经心理失调等)发生过程中发挥重要作用。 DNA的甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶和少量的N6-甲基腺嘌呤及7-甲基鸟嘌呤。在高等生物中,5-甲基胞嘧啶多发于CpG二核苷酸序列中,基因组中60%-90%的CpG是甲基化的。在甲基转移酶(DNMT)的催化作用下,利用S-腺苷甲硫氨酸(SAM)提供的甲基,使CpG二核苷酸序列中的胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶。由于甲基化胞嘧啶极易在进化中丢失,高等真核生物中CpG序列远远低于其理论值,但在基因组的某些区域中,通常是基因的启动子和第一外显子区,CpG序列密度很高,可以达均值的5倍以上,成为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区,形成所谓的CpG岛。哺乳类基因组中约存在4万个CpG岛,大多位于转录单元的5’区。CpG岛的高甲基化是肿瘤中存在的普遍现象,而启动子CpG 岛的高甲基化是除突变和缺失外肿瘤中抑癌基因失活的第三种机制。因此,基因启动子甲基化检测在临床诊断、药物敏感性检测等方面具有很高的应用价值。

服务项目:

1.甲基化特异性的PCR(Methylation-specific PCR,MSP)

      用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变;随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物,如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段,则说明该位点存在甲基化;反之,说明被检测的位点不存在甲基化。


特点:适用范围广,能够检测特异位点是否发生甲基化。


2.亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP)

  用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR,在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶,最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化,称为BSP-直接测序法。将PCR产物克隆至载体后进行测序,可以提高测序成功率,这种方法称为BSP-克隆测序法。

   特点:精确度高,能够准确检测出甲基化的程度百分比。

送样要求:

细胞(≥106 个)、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、血清(≥1.5ml)等样品材料,基因组DNA(体积≥20μl,浓度≥50 ng/μl)。


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