[转帖]为果蝇研究者提供的地图
<span class="article_title"></span><br/>消息来源：<a href="http://www.lifeomics.com">www.lifeomics.com</a><hr size="1"/><div style="float: left; position: relative; padding-right: 10px;">
<img src="http://www.lifeomics.com/image/journal/article?img_id=32536" alt=""/></div><p> </p><p><font face="Times New Roman"> <strong>为绘制这张地图，从事果蝇研究的科学家现阶段的工作量显然比以前多得多。和绘制地球的地形图不同的是，果蝇发育过程中的“山峰”和“峡谷”仍未能绘出。</strong></font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/> 伯克利果蝇转录网络项目的目标是要了解果蝇的转录调控机制。基因芯片技术可以了解到与基因组相结合的转录因子，但在多细胞器官中，基因的调控可能是依细胞而异的，同时基因芯片技术也无法弄清其复杂性。</font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/>
加州大学的Charless
Fowlkes说道：“我们想要的是能够在第一时间内观察到许多基因之间的相互作用情况。如果我们可以用一千种不同颜色的染料对一千个不同的基因同时进行
染色，那么就可以观察到每个细胞中转录调控的情况。但以目前的技术而言，那是不可能的。”因此，要了解转录的空间模式，必须分别对数以千计胚胎中的基因进
行观察，然后再把数据集中放在一个虚拟的胚胎中去。Fowlkes等人目前报道了这些相关的实验成果（Fowlkes et al.,2008）。</font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/>
研究人员用二光子显微镜观察了在原肠胚期开始前50分钟固定胚胎中mRNA的表达情况。由于该阶段没有发生细胞分化，因此它不但对于观察和建模很有实际意
义，而且也是一个重要的发育标志。在此期间，一系列关键的转录因子开启了数以千计的下游靶基因，这些基因都特异地与细胞命运相关，并且与身体器官的发育有
关。</font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/>
他们合成了6种形态学的模板，一次用一种，然后根据相应的模板，自动地对一个已知基因的表达模式进行排列。在一个粗排列中，他们将所有胚胎换算成相同的总
长度，并用其所占长度的比例来表示基因的表达位置。然而，这并不能消除所有的可变性，因此他们用ftz或是eve的表达边界作为标记物。Fowlkes
说：“我们所做的就是让胚胎可以非严格性地变形。这里的变形并不是指可以随意改变形状；它不像液体，而是类似于一种很软的材料，可以被弯曲，同时我们可以
通过数学算法控制它的软度。”</font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/>
科学家发现这种胚胎中两个基因的表达信号的可变性和单个胚胎中对同样两个基因进行共染色的可变性一样低。就如Fowkles所说：“我们认为自己已经处理
了可变性的几何来源。这很有意思，因为当我们开始时，我们并不知道尝试将所有这些数据整合进一个公共模板里是否有意义。”</font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/>
然而，虚拟多路技术实际上在果蝇胚胎中是可行的。这些结果的组合就产生了所谓的虚拟胚胎，这一虚拟胚胎在目前描述了95个基因在不同时间的平均表达模式。
Fowlkes等人随后用时空信息来协助预测是哪些转录因子调控哪些靶基因。用一种相对比较简单的模型，他们捕获了一些已知的起调控作用的相互反应以及预
测了一些新因子。</font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/> 随着这项工作的深入展开，虚拟胚胎和每个基因的原始数据一样，对那些可能想绘制他们自己的基因表达地图的人们提供了一种可能性。</font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/><br/>图片说明：虚拟胚胎的可视化基因表达。胚盘（blastoderm）表面（上）的3D模型及其圆柱状投影（下）。虚拟合成图为果蝇胚胎基因的表达绘制了一张地图。<br/>图片来源： Elsevier</font></p><p><font face="Times New Roman"><br/></font></p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/>原文检索：<a href="http://www.nature.com/">www.nature.com</a></font></p><p> </p><p> </p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/>参考文献<br/>Fowlkes,
C.C. et al. A quantitative spatiotemporal atlas of gene expression in
the Drosophila blastoderm. Cell 133, 364–374 (2008).</font></p><p> </p><p> </p><p> </p><p><font face="Times New Roman"><br/><br/>归尘/编译</font></p><p> </p><p> </p><font face="Times New Roman"><br/><br/>关键词：胚盘<br/>Key words：blastoderm</font> <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt;"><span lang="ZH-CN" style="FONT-FAMILY: 宋体; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';">在奥运期间还有这样热心的会员支持我们，太感谢了！</span></p><p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 0pt;"><span lang="ZH-CN" style="FONT-FAMILY: 宋体; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman'; mso-hansi-font-family: 'Times New Roman';"></span></p>
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