個人自製GCG教學

GCG指令大全

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指令 ( 全部小寫 ) 紅字代表自已取的文字 藍字代表鍵盤按鍵	說明
ls	List the menu
cd dirname	Into dir
mkdir dirname	Make dir
rmdir dirname	Remove dir
rm filename	Remove file
cd filename	進入 filename 這個資料夾
cd	Back to 上一層資料夾
cp filenameA filenameB	複製 filenameA ，並將複製的檔案命名為  filenameB
mv oldfilename newfilename	轉換檔名 小技巧：如果檔名太長或要同時刪除一堆同樣開奇檔名時，例如aj293274.gb_pl，可以打 mv aj* mkc ，此時新檔名就變成 mkc 了
seqed	make a new sequence file , and edit it ! 先打此序列的檔名 再打此序列的註解 按 Ctrl+D 就跳到輸入序號處 可以輸入序列 如果要跳回第 23 個base時，就直接按 23 再按 Enter 就可以了 輸入完成再按 Ctrl+D 後，再按 wq 存檔 (如果不存檔按 q! )
seqed filename	修改某檔案 就可以修改 filename 的內容 如果要Search <GGCGT>，鍵入「 /GGCGT」就可以找到游標後第一個GGCGT的序列
more filename	看 filename 這個檔案
more aj*	看由 aj 開頭的所有檔案
reformat -che	格式化檔案： 可進入一堆指令列提示，之後會問你要用那個指令 之後會問你要套用到那個檔案 此指令大小寫沒關係 最常用的是以下四種 　-DNA       changes U into T (把RNA變DNA的序列) 　-RNA       changes T into U (把DNA變RNA的序列) 　-UPPer    makes all sequence characters uppercase (變大寫) 　-LOWer   makes all sequence characters lowercase (變小寫) 其它有機會也可以利用其它指令 　-OUTfile=copyfile     把一個檔案複製成另一個檔名 　　　　　　　　　　(兩個檔案內容一樣)
reverse	把序列反轉 REVERSE of what sequence ? 　輸入檔名 Begin (* 1 *) ?　　　 由多少開始 End (* 41 *) ?　　　  到多少結束 Do you want to: 1) reverse only　　　　　　　反轉 2) complement only　　　　　互補 3) reverse and complement      反轉及互補 Please choose one (* 3 *) ? 看你是不是要反轉和互補 What should I call the output file (* reverse.rev *) ? 輸入反轉後另存的檔名
translate	把DNA序列轉成蛋白質序列 之後就隨他出現的問題順序輸入，以及自取檔名
fetch	釣基因 FETCH what sequence(s) ?  輸入基因序號 ( 可到NCBI去查，例如「ay220738」)，之後就會把該筆資料copy到你的目錄下
peptidesort	可以知道一個peptide的分子量 當我們用E.coli產生的蛋白質中，要先預測做出來的peptide分子量約多大，才可以正確分離取得該表現的peptide 出現 Enzyme(* * *): 時，按空白鍵後enter可出現較簡要的結果
map	可以看DNA open reading frame的圖譜 先輸入要瞭解的DNA檔名 (例如由NCBI的ay220738，之前可以fetch指令取得後改成便使用的檔名) 之後出現Enzyme(* * *): 時，有兩種選擇 ( 1 ) 按空白鍵後再按Enter，出現的結果為三種ORF的結果顯示 ( 2 ) 不按空白鍵，直接按Enter，出現的結果可以看到整個DNA圖譜的限制酵素切位 　 按空白鍵時，按more指令去看結果，可以看a b c三種讀法那一種是對的，以不會常常出現stop codon(*) 為對的讀法，接下來找該讀法第一個M (methionine)為start codon，結尾為 TAA TAG TCG為結束(*)(stop codon不產生amino acid) 不按空白鍵時，按more指令去看結果，可以看到所有酵素切位的地方 　 補充：??什麼是frame 4啊？ What protein translations do you want: a) frame 1 b) frame 2 c) frame 3 d) frame 4 e) frame 5 f) frame 6 t)hree forward frames s)ix frames o)pen frames only n)o protein translation q)uit Please select (capitalize for 3-letter) (* t *):
postscript	當需要做進階輸出時？ 出現「Please choose one ( * LASERWRITER * ) 」後，要先設定輸出路徑 輸入 cepsf 後按Enter↓ 輸入 $program.ps$ 後按Enter↓ 路徑就設定完成了
mapplot -che	要看所有酵素切位的大概位置 (此指令需要先設定postscript路徑才可以執行) 先會出現所有指令的功能，可選擇想輸入的指令，例如-once指令(-once為只有切一刀的酵素) -once -outfile=ok     ok為輸出的檔名，可以自訂 再輸入要分析的序列檔名，這個檔案格式需要為DNA序列，或是用fetch捉下來的檔案才可以分析！ 就可以得到結果

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