生信宝典文章集锦

还不能发链接，百度或谷歌搜索 生信宝典

生信宝典文章集锦

生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出来，却把握不住对还是错。

学习生信从来就不是一个简单的事，需要做好持久战的心理准备。

在学习时，我们都希望由浅入深的逐步深入，不断地练习和实践，这就是为什么我们需要一本书，因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史，如果想要一门程序设计的入门数据，每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书，就有些难了。本身生信跨领域，需要多学科的知识，而其内部又有不少分子，都囊括了太大，包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。

我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python，自学R，自学高通量测序；这些学习经历，之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西，觉得好简单，而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记，当时也只是为了自己看，到现在确实只有自己能看得懂，不便惠及更多的人。

因此我们创建了生信宝典，希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义，一是形式上的不同，摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥，而是有组织有计划的内容聚合，提供一系列的教程，由入门到提高。二是内容的不同，不去用网上现有教程的通用数据做例子，而是拿实际生物数据，讲述如何解释生信中普遍碰到的问题，讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时，我们回到了当年，在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白，从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手，直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷，是否难，而是是否必要。如果必要，再简单，也要提及；如果不必要，再炫酷，也暂不纳入。

通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多，可以当做小说阅读，也可以跟着去练，反复几遍，每读一次都会有不同的收获和体会。
教程合集

    生信宝典-Linux教程.pdf
    生信宝典Py3_course.pdf
    生信宝典-R学习教程.pdf

系列教程

    生物信息之程序学习
    关于编程学习的一些思考
    该如何自学入门生物信息学
    如何优雅的提问
    生信宝典视频教程
    好色之旅-画图三字经
    转录组分析的正确姿势
    生信的系列教程
    生信的系列书籍
    文章用图的修改和排版 (1)
    文章用图的修改和排版 (2)
    简单强大的在线绘图
    简单强大的在线绘图-升级版
    论文图表基本规范
    学术图表的基本配色方法
    数据可视化基本套路总结
    英语写作常见错误总结和学习视频
    教育部推出首批490门”国家精品在线开放课程”
    你该知道的杂志分区和影响因子及最新表格下载
    你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
    推荐 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大神
    史上最全的图表色彩运用原理
    生信宝典一周年福利第一波 - 电子书赠送
    测序发展史：150年的风雨历程
    生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得

蛋白质组学研究

    蛋白质组学研究概述

转录组研究

    39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)
    39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具大比拼 （完整翻译版）)
    无参转录组分析工具评估和流程展示
    120分的转录组试题（第一份答案）
    120分的转录组试题（第二份答案）
    120分的转录组试题（第三份答案）
    DESeq2差异基因分析和批次效应移除

扩增子三步曲

    1图表解读-理解文章思路
    2分析流程-把握分析细节
    扩展1：视频教程-夯实分析思路
    扩展2：QIIME2教程-了解分析趋势
    3统计绘图-冲击高分文章
    易生信-扩增子教程01-基本概念
    易生信-扩增子教程02-真菌引物选择
    收藏-手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表

宏基因组教程

    微生物组入门必读+宏基因组实操课程
    扩增子图表解读-理解文章思路
    扩增子分析流程-把握分析细节
    扩增子统计绘图-冲击高分文章
    宏基因组分析教程
    4500元的微生物组培训资料
    宏基因组分析教程合集
    宏基因组分析教程合集和往期课程PPT分享
    人类微生物组计划 - 宏基因组/16S分析流程 bioBakery

宏基因组分析专题

    1 背景知识-Shell入门与本地blast实战
    2 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
    3 组装拼接MEGAHIT和评估quast
    4 基因注释Prokka
    5 基于Kmer比较数据集sourmash
    6 不比对快速估计基因丰度Salmon
    7 bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
    8 分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
    9 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvio
    10 绘制圈图-Circos安装与使用
    MetaPhlAn2分析有参宏基因组

ChIP-seq专题

    ChIP-seq基本分析流程
    从Richard Young教授的系列研究看超级增强子发现背后的故事 (附超级增强子鉴定代码)

文献精读

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    “人鸡胚胎”破解生命起源奥秘，百年来首次证实“组织者”存在于人体 ｜《Nature》发表重磅论文
    被高中生物骗了这么多年，原来人体内细胞的DNA是有不同的？
    周琪院士正面回应：60万一针有用吗？（干细胞治疗）
    CRISPR-CAS9发展历程小记
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    把人类宝宝和黑猩猩幼崽一起养大，会发生什么有趣的事情呢？结局可能是有些出乎意料的～～
    你体内的细胞“成精了”？居然还互相看对了眼？
    父爱无言！科学家首次发现来自爸爸的基因，可以通过胎儿来控制妈妈对宝宝的爱
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    2018“不务正业”的化学奖又发给了生物
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    Nature综述-整合组学分析护航健康，推动精准医学时代的到来！
    勤能补拙，过目不忘，提高m6A助力好记性？中科院王秀杰/杨运桂合作最新成果

Linux

    免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
    Linux - 总目录
    Linux - 文件和目录
    Linux - 文件操作
    Linux - 文件内容操作
    Linux - 环境变量和可执行属性
    Linux - 管道、标准输入输出
    Linux - 命令运行监测和软件安装
    Linux - 常见错误和快捷操作
    Linux - 文件列太多，很难识别想要的信息在哪列；别焦急，看这里。
    Linux - 文件排序和FASTA文件操作
    Linux - 应用Docker安装软件
    Linux - Conda软件安装方法
    Linux - 服务器数据定期同步和备份方式
    Linux - VIM的强大文本处理方法
    Linux - 查看服务器配置信息
    Linux - SED操作，awk的姊妹篇
    Linux - 常用和不太常用的实用awk命令
    Linux - 那些查找命令
    Linux - 原来你是这样的软连接
    Bash概论 - Linux系列教程补充篇
    Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

CIRCOS系列

    CIRCOS圈图绘制 - circos安装
    CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释
    CIRCOS圈图绘制 - 染色体信息展示和调整
    CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性

R统计和作图

    在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet
    别人的电子书，你的电子书，都在bookdown
    R语言 - 入门环境Rstudio
    R语言 - 热图绘制 (heatmap)
    R语言 - 基础概念和矩阵操作
    R语言 - 热图简化
    R语言 - 热图美化
    R语言 - 线图绘制
    R语言 - 线图一步法
    R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
    R语言 - 箱线图一步法
    R语言 - 火山图
    R语言 - 富集分析泡泡图
    R语言 - 散点图绘制
    R语言 - 韦恩图
    R语言 - 柱状图
    R语言 - 图形设置中英字体
    R语言 - 非参数法生存分析
    R语言 - 绘制seq logo图
    WGCNA分析，简单全面的最新教程
    一文看懂PCA主成分分析
    富集分析DotPlot，可以服
    基因共表达聚类分析和可视化
    R中1010个热图绘制方法
    还在用PCA降维？快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码
    一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据
    文章用图的修改和排版
    network3D: 交互式桑基图
    network3D 交互式网络生成
    Seq logo 在线绘制工具——Weblogo
    生物AI插图素材获取和拼装指导
    ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
    图像处理R包magick学习笔记
    SOM基因表达聚类分析初探
    利用gganimate可视化全球范围R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况
    一分钟绘制磷脂双分子层：AI零基础入门和基本图形绘制

NGS基础和软件应用

    NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
    NGS基础 - 高通量测序原理
    NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
    NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
    NGS基础 - 测序原始数据下载
    本地安装UCSC基因组浏览器
    测序数据可视化 (一)
    IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
    高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1
    高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2
    高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 3
    测序文章数据上传找哪里
    GO、GSEA富集分析一网打进
    GSEA富集分析 - 界面操作
    Bedtools使用简介
    OrthoMCL鉴定物种同源基因 （安装+使用）
    Rfam 12.0+本地使用 （最新版教程）
    轻松绘制各种Venn图
    ETE构建、绘制进化树
    psRobot：植物小RNA分析系统
    生信软件系列 - NCBI使用
    去东方，最好用的在线GO富集分析工具
    2018 升级版Motif数据库Jaspar
    一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
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    科研小萌新，掌握这些技巧，轻松玩转各个基因！
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癌症数据库

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Python

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    Python极简教程（二）
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分子对接

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    生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索
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